Analiza pełnych genomów sporadycznego stwardnienia zanikowego bocznego czesc 4

Tak więc, 2 SNP na powiązane locus (łącznie 768 SNP) z początkowego ekranu genomu przetestowano w serii replikacji 1. Genotypowanie tych SNP zakontraktowano do KBiosciences, która wykorzystuje zastrzeżoną odmianę wydłużania startera określaną jako KASPar. Schymick i wsp. 7 udostępnili zestaw danych (utworzony przy użyciu platformy Infinium II 550K [Illumina]) publicznie dostępnych na stronie https://queue.coriell.org/Q/snp_index.asp. Genotypowali próbki DNA od białych pacjentów ze sporadycznymi ALS i białymi kontrolami, wszyscy przebywający w Stanach Zjednoczonych, z repozytoriów komórek Coriell. Nie było dowodów na stratyfikację populacji w tej serii, na podstawie analizy za pomocą oprogramowania STRUCTURE. Stworzyliśmy naszą serię 2 replikacji przy użyciu danych genotypu SNP od 135 pacjentów ze sporadycznym ALS, którzy byli unikalni dla tego zestawu danych (po usunięciu próbek Coriell, które były już reprezentowane w naszej serii replikacji 1), a także 275 unikalnych białych kontrolek.
Aby potwierdzić obecność białka FLJ10986 u pacjentów ze sporadycznym ALS, immunoprecypitowaliśmy białko z płynu mózgowo-rdzeniowego, stosując przeciwciało anty-FLJ10986 i analizowaliśmy immunoprecypitat na żelu poliakrylamidowym z dodecylosiarczanem sodu. Prążki 45-kDa i 48-kDa wycięto z żelu, białka wymyto i strawiono trypsyną, a otrzymane fragmenty zsekwencjonowano. (Szczegółowe informacje na temat metody Western blot i innych testów podano w Dodatku uzupełniającym).
Analiza statystyczna
Tabela 1. Tabela 1. Polimorfizmy pojedynczego nukleotydu (SNP) istotnie związane ze sporadycznie stwardnieniem zanikowym bocznym (ALS). Dokonano korekcji Bonferroniego dla wielokrotnego testowania, przy czym rs6700125 był jedynym SNP, aby zachować znaczące powiązanie w serii replikacji 1. Nasza metoda oceny istotności jest zależna od zdefiniowania sygnałów asocjacyjnych, które są najwyższe w całym genomie (biorąc pod uwagę pokrycie o dużej gęstości genom) i replikować w dwóch lub więcej niezależnych kohortach. Ponieważ zarówno platformy Affymetrix, jak i Illumina zostały użyte w naszych seriach odkryć i serii replikacji 1, wiele z naszych najwyżej sklasyfikowanych SNP nie zostało przeanalizowanych w serii replikacji 2. Dlatego wykorzystaliśmy lokalną metodę walidacji: zidentyfikowaliśmy SNP znalezione przez Schymick et al. na układzie Infinium II 550K, który był również obecny w obrębie 25 kb po każdej stronie każdego z naszych loci o najwyższym rankingu, a następnie wyliczył wartości P dla częstotliwości mniejszego allelu dla każdego SNP w grupie przypadków w porównaniu z grupą kontrolną w serii replikacyjnej 2, zgłaszanie najbardziej znaczącej wartości P (Tabela 1). Wskaźniki szans zostały obliczone za pomocą programu DeFinetti (http://ihg.gsf.de/cgi-bin/hw/hwa1.pl), a metody zostały zaadaptowane z Sasieni9. Dalsze szczegóły podano w Dodatkowym dodatku. Wartości P mniejsze niż 0,05 uważano za wskazujące na istotność statystyczną.
Wyniki
Stowarzyszenia Genomewide
W serii odkryć nie było stratyfikacji populacji (ryc. 2 w dodatkowym dodatku). Genotypy z badania przesiewowego 386 pacjentów ze sporadycznym ALS (155 białych kobiet i 231 białych mężczyzn, ze średnim wiekiem 59 lat i średnią skróconą oceną czynnościową stwardnienia zanikowego bocznego – poprawiony wynik 30,80) uszeregowano w porównaniu z genotypami 542 kontroli (wszystkie białe, ze średnią wieku 68 lat i jednakową liczbą mężczyzn i kobiet), z najwyższą rangą przypisaną do SNP z najbardziej znaczącą wartością P
[patrz też: kardiolog kielce, mięsak ewinga, tonsillektomia ]